平成24（2012）年11月7日，ハンセン病元患者3団体は，検事総長に対して，検察官自らがいわゆる「菊池事件」について再審請求を行うよう求める要請書を，熊本地方検察庁に提出した。 　同事件は，ハンセン病患者とされた藤本松夫氏が，自分の病気を熊本県衛生課に通報した村役場職員を逆恨みして殺害した等として，昭和28（1953）年8月29日に死刑判決の宣告を受け，同37（1962）年9月14日に死刑執行された事件である。

同事件の訴訟手続は，｢らい予防法｣により一般社会とは隔離されていた国立療養所菊池恵楓園，あるいは，ハンセン病患者のみの受刑者が収容される菊池医療刑務支所に仮設された「特別法廷」において非公開で行われており，かつ，この「特別法廷」内においては，裁判官，検察官，弁護人がいずれも予防衣と呼ばれる白衣を着用し，記録や証拠物等を手袋をした上で火箸等で扱うなど，ハンセン病に対する差別，偏見に満ちた取り扱いがなされた。さらには，被告人が殺人の公訴事実を一貫して否認しているにもかかわらず，第一審の弁護人は，罪状認否において「現段階では別段申し上げることはない」として争わず，また，検察官提出証拠に全て同意するなど，実質的に「弁護不在」の審理がなされている。

同事件のこのような訴訟手続が，裁判の公開(憲法第82条)，平等・公平な裁判(憲法第37条1項)，適正な刑事手続（憲法第31条），弁護人による弁護（憲法第34条）を保障した憲法の規定に反し，被告人の裁判を受ける権利等を侵害するものであることは明らかであり，同事件は，本来人権を守るべき責務を負っている裁判官，検察官及び弁護人という法曹三者が，ハンセン病に対する差別・偏見により，自ら取り返しのつかない人権侵害を犯したものと言わざるを得ない。逮捕においては兇器を携帯しないのに銃で腕を射抜き，再審請求にあっては棄却した翌日即時抗告の機会を与えることなく死刑を執行した。刑事司法手続は，捜査開始から死刑執行まで全体にわたってハンセン病に対する偏見に基づき差別的に行われた疑いがあり，これを解明する必要がある。

実体的にも，確定判決の証拠関係にはこれまで幾多の問題点が存在すると指摘されてきた。必要な実験や法医学鑑定等を実施して，それらの疑問についても解明されなければならない。

確定判決が憲法条項に違反していれば，その判決は正されなければならない。有罪認定に合理的な疑いが残るのであれば，これも是正されなければならない。これらはいずれも国家の責務であるが，再審請求者の第1順位に検察官を挙げる刑事訴訟法439条1項からして，公益の代表者たる検察官がこの任務を担うべきことは明らかである。

当連合会は，これまで社会に向けて，ハンセン病元患者らが受けた被害の回復，差別偏見の解消等いわゆるハンセン病問題の解決に向けて最大限の努力を惜しまない旨を誓約してきた。当連合会はその実現に努力してきたし，これからもその活動に全力を尽くす所存である。

残されたハンセン病問題の解決として，当連合会は，同事件において差別的な刑事司法手続が行われた疑いにつき，法曹三者の一員としての責任も自覚しつつ，公益の代表者たる検察官に同事件の再審請求を行うよう求め，刑事司法が刑事司法の誤りをみずからの手によって速やかに正すよう真摯に願うものである。